Em 1556, o Pe.Afonso Brás finalizou a construção em taipa da primeira Igreja dos jesuítas em São Paulo, anexa às dependências do Colégio. Prejudicada por 13 anos de ausência forçada dos padres da Cia. de Jesus, que foram expulsos da vila, foi reconstruída e ampliada a partir de 1667, que teve como padroeiro o Senhor Bom Jesus.
Após nova expulsão, em 1759, a Igreja do Bom Jesus passou à tutela da Diocese de São Paulo, tendo ruído irremediavelmente em 1896, restando apenas a sua torre. Com a devolução do espaço aos jesuítas em 1979, foi construída nova igreja, dedicada à devoção do Beato José de Anchieta.

Museu

Constituído a partir de doações e da devolução de alguns dos objetos que pertenceram originalmente à Igreja e Colégio dos Jesuítas, como a pia batismal, o atual acervo do Museu encontrava-se exposto em sua quase totalidade, sem a observância dos critérios essenciais à sua real caracterização e conseqüente valorização.
A recente implementação de projeto museológico e museográfico permitiu que os objetos que constituem o acervo fossem identificados, classificados, organizados em coleções e restaurados, de forma a revelar o valor e a credibilidade de que eram portadores. Cerca de 600 objetos integram as coleções, hoje expostas em sua quase totalidade em seis salas e no espaço da cripta. Indicadores de memória, uma vez que muitos dos objetos que integram o acervo tornaram-se referência única para a história da cidade de São Paulo, não são menos interessantes para o visitante em geral, que neles poderá encontrar a oportunidade de estabelecer um confronto com os seus referenciais.

Biblioteca

O acervo da Biblioteca Pe.Antonio Vieira foi constituído a partir de coleções particulares pertencentes a padres residentes na comunidade do Pateo do Collegio, de doações feitas por Associações e Entidades que funcionaram nesse mesmo espaço e de livros e documentos adquiridos para subsidiar os estudos sobre a causa da canonização de Anchieta.

No ano de 2000, foram integrados, por doação do Colégio São Luís, 3.652 títulos, além do acervo particular do Pe. Helio Abranches Viotti, eminente historiador da Cia. de Jesus. O Colégio Santo Inácio, do Rio de Janeiro,
doou aproximadamente 3.000 livros em maio de 2002. Entre eles encontram-se raridades, como a primeira
biografia de Antonio Vieira, escrita pelo Pe. André de Barros, em 1746.

Centro Loyola de Fé e Cultura

Inaugurado dia 31 de julho de 2002, o Centro Loyola de Fé e Cultura é mais um dos órgãos que integram o Memorial da Cia. de Jesus. Tem por objetivo a formação espiritual e cultural do laicato, capacitando-o a atuar de forma objetiva e responsável em
todas as áreas e ambientes sociais, com um verdadeiro testemunho cristão. O diálogo permanente entre a Fé e a
Cultura será estabelecido através de cursos, encontros, palestras e seminários sintonizados com a
Doutrina Cristã e os valores éticos, sócio-culturais e religiosos da sociedade.